Les principaux organes de l'Union Latine sont :
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le Congrès. Il rassemble les États membres de l'Organisation et se réunit tous les deux ans en session ordinaire. Il vote le budget et les grandes orientations des activités de l’Union Latine. Il accueille les nouveaux États qui adhèrent à l'Union Latine et élit les États membres des instances dirigeantes.
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le Conseil Exécutif. Élu par le Congrès, il se compose de 12 États membres dont le mandat est de 4 ans. Le Conseil suit régulièrement les activités de l’Organisation et prépare le programme de travail et le projet de budget correspondant.
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Le Secrétariat général. L’Union Latine est dirigée par un Secrétaire général nommé pour 4 ans par le Congrès. Il est chargé de l’exécution des programmes et des décisions du Congrès et du Conseil Exécutif en matière de budget et de grandes orientations.
La structure de l’Organisation intègre également les organes auxiliaires établis par le Congrès et le Conseil Exécutif.
Financement
Le budget de l’Union Latine est alimenté principalement par les contributions obligatoires des États membres. Pour la réalisation de certaines actions, l’Organisation collabore avec des institutions publiques et/ou privées qui la soutiennent.